Los origenes del Monasterio de san Juan se remontan al siglo XI, cuando el monje Lermes se instaló aquí, con el beneplácito de los reyes Alfonso VI y doña Constanza de Borgoña, al frente de una comunidad de doce monjes. Aquí se asentó con la idea de crear un complejo asistencial para albergar a peregrinos del Camino de Santiago.

El monasterio de San Juan se mantuvo bajo la disciplina de Casa-Dei hasta 1436. En ese año se integró en la Congregación de San Benito de Valladolid, comenzndo una nueva etapa que no concluyó hasta la Desamortización de Mendizabal, iniciandose un periodo de abandono que acabó con la ruina de buena parte del edificio. Casi nada queda de la magnífica iglesia del siglo XV, salvo sus muros externos. Se conservan el clustro y la Sala Capitular, ambas renacentistas del siglo XV.