Le Musée de la Pharmacie est situé au deuxième étage de l’Arc de Santa Maria, avec des objets pharmaceutiques du XVIe au XIXe siècle, principalement de la célèbre pharmacie de l’ancien Hôpital de San Juan. Il convient de noter la belle collection de pots fabriqués à Talavera de la Reina en 1558, avec les armoiries de Saint Jean l’Evangéliste en bleu sur fond blanc, et un mortier du XVIe siècle, commandé à fondre par Fray Tomás de Paredes. Il y a aussi des récipients en verre, bleus ou transparents, de la fin du XIXe ou du début du XXe siècle, ainsi que certaines fournitures de laboratoire typiques, telles que de grands cuivres et alambics en cuivre, sont également conservés.