En la segunda planta del Arco de Santa María se encuentra el Museo de Farmacia, con objetos farmacéuticos de los siglos XVI al XIX, procedentes en su mayor parte de la famosa botica del desaparecido Hospital de San Juan. Cabe destacar la bella colección de tarros realizados en Talavera de la Reina en 1558, con el escudo de San Juan Evangelista en azul sobre fondo blanco, y un mortero del siglo XVI, mandado fundir por Fray Tomás de Paredes. También se conservan recipientes de vidrio, de color azul o transparentes, de finales del siglo XIX o principios del XX, y algunos útiles típicos de laboratorio, como los grandes peroles de cobre y los alambiques.